双肾结石可以通过喝水、药物、手术等方式进行治疗。
对于结石较小，且没有尿道阻塞或感染的患者，保守治疗是首选的。如果是6mm以下的结石，可以通过多饮水来调节饮食。病因治疗：病因明确的肾结石要从根本上解决，比如：甲状腺功能亢进要把肿瘤切除，阻塞要清除梗阻，炎症性结石要彻底清除感染，要对症进行镇痛解痉、利尿排石，同时还要注意防止感染。体外震波疗法是指通过碣石附近的冲击波引起的一系列物理作用，对直径小于1cm的结石进行治疗。如果不能用药物来减轻疼痛，或结石的直径很大，可以通过外科手术来取出结石，或将其粉碎为细小的颗粒。
肝内胆管结石的临床治疗方法多种多样，如肝内结石较小，无症状时，可先行临床观察，如靠肝门较近，可行手术取石，但肝内胆管取石后易复发，因此肝内胆管结石可进行手术切除治疗，如左侧肝内胆管结石，可将左侧部分肝组织、胆管、结石切除，右肝若完好则可保留，严重时需行肝移植手术进行治疗。
最重要的看患者的肾功能，如果肾功能还好，可以通过碎石，进行钬激光碎石，还有一些超声碎石经皮肾经的取石来做治疗，目前大家都知道可以微创技术，所以经皮肾的微创技术取石，现在是一种比较常见的手术方式。
尿道结石的治疗首先是保守治疗，适用于直径小于0点5cm且表面光滑的结石，其次是手术治疗，适用于引起尿路充血、水肿甚至梗阻的结石。尿道结石的治疗方法需要依据结石的位置选择适当的方法。首先是结石为尿道前端的舟状窝和结石在前尿道，可以无菌液体，再轻轻地向尿道远端推挤，把结石推出尿道口外或者用血管钳夹出来。再次是后尿道结石，可用金属尿道探子，将结石轻轻地推入膀胱，在膀胱结石来处理。
如果孕妇肾结石的病情是轻度的，可以多饮水，减少散步的次数，增加身体的代谢速度，从而加快体内的代谢，从而加快排泄。
如果怀孕期间出现了肾结石，建议到医院进行B超的诊断。如果石头不超过2公分，建议多饮水，每天适量的锻炼，避免草酸类的摄入量。在生产完成以后采用震波进行体外碎石。如果结石比较大，可以在生产后进行外科摘除。
