对于软骨瘤通常采用手术治疗。对于内生软骨瘤，可以采用病灶刮除植骨术；多发性内生软骨瘤因恶变的机会较大，一旦发生恶变就要进行截肢手术。对于因为关节磨损而出现的骨碎屑，或者伴有疼痛，可以采用理疗治疗.因为骨软骨瘤是一种良性的肿瘤，所以良性肿瘤治疗大部分就是手术切除。
会出现肿胀、疼痛症状，不小心受到外力撞击时，骨软骨瘤压迫周围神经、血管、肌腱，造成腱鞘炎或者神经疼痛，才会出现较明显，在病发部位可触及到骨骼凸起变形，甚至有的肿瘤突破皮层。肿瘤表面光滑或凹凸不平。
骨软骨瘤目前无相应的药物降低其发生率，主要以手术治疗为主，手术切除软骨瘤周围软骨帽，软骨瘤的基底部和相应骨膜部分，术后复发率较低。其恶变概率约为1%，但是多发性软骨瘤恶变率相对较高，恶性表现为生长迅速的软组织包块或顶部呈菜花状的软骨瘤，合并恶变率会增大。基底部宽的软骨瘤也存在恶变倾向，此类型病变，积极手术。
软骨瘤是一种较轻微的良性肿瘤，且恶变概率很低，是相对较轻的疾病。但对于多发性的，尤其是儿童型的则要慎重，因为可能引起患儿四肢畸形。对于成年人，只需要定期观察。
有可能是属于局部损伤之后而引起的软骨瘤，也有可能是由于遗传基因引起，通常这个软骨瘤是属于良性的肿瘤，直接通过手术切除就可以，多发性骨软骨瘤病的存在并不一定需要做切除术.只有在局部发生疼痛，或产生压迫症状时，才可考虑切除有症状或引起症状的骨疣.手术方法同孤立性骨软骨瘤.切除时必须将覆盖其上的骨膜一并切除，否则容易复发。
膝盖软骨瘤唯一有效的治疗方法是手术切除。以往考虑骨软骨瘤随着骺板闭合会停止生长，而且恶变率非常低，只有0.5%-1%左右，所以只有软骨瘤出现疼痛，压迫神经、血管，才有手术指征。现在一旦确诊骨软骨瘤，还是切除，整个切除是比较有效的方法。多发性骨软骨瘤没办法一次切除，只能分次切除，先把累及关节活动或者压迫神经、血管的瘤子切掉，其他的可以分成二期手术，三期手术切除。