卵巢囊肿通过一些保护性手术治疗，复发率较高的。要按时复查，不要过于担心，放松心情，平时多吃豆制品，注意个人卫生，积极配合治疗，改善生活伙食，多运动，多参加社会实践活动。
卵巢囊肿手术一般是剔除卵巢囊肿的，卵巢是不会切除的，剔除囊肿对生育是没有影响的了，如果切除了卵巢，那么还有另外一侧的卵巢的了，也是可以怀孕的了，只不过怀孕的几率是正常的一半的了。
术前主要是了解囊肿的性质及大小，不要太过担心和紧张，同房不影响手术，注意卫生，少吃不易消化的食物，可以喝一些流食比如奶类汤类具有营养的食物，卵巢囊肿最怕的是蒂扭转，这是妇科的急腹症之一，时会引起月经不调的。卵巢囊肿可以导致痛经、月经失调、不孕、恶心、呕吐、腹胀等，发病的原因也是由于内分泌失调所致以及受到输卵管炎症的影响。
卵巢囊肿的消除应该视病情而定，小于五厘米又没有查到明显的肿瘤指证的病人，多为功能性囊肿，可以密切观察，2至3个月检查一次，视病情情况采用药物治疗，中药西药都有比较明显的疗效，肿囊肿直径大于五厘米，则多为卵巢肿瘤，对此应该采用手术治疗，卵巢囊肿的危害相对比较大，因此必须认真对待，积极治疗，可以到正规医院诊治。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。