一般囊肿的直径小于5厘米，多为功能性囊肿，月事来后会自行减小或者消失。可以密切随访，现在只要月事按时来潮，这个就没事，月事有推迟的情况，可以使用调经药物控制治疗下。可以调理下月事，也可以使用些软坚散结的药物，使用抗生素是没有意义的等月事干净后再去复查即可。
巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。采用手术治疗，保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
治疗巧克力囊肿如果采用药物治疗效果不好，如果是有生育要求的病人，一般采取腹腔镜手术治疗，在腹腔镜手术的时候需要保留卵巢的功能，并不能完全切除。对于生育没有要求的女性，采取腹腔镜手术室进行治疗，巧克力囊肿完全的摘除而不是剥离。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致的。子宫内膜异位容易导致不孕不育。主要的症状就是下腹疼痛进行性加重的痛经，不孕性交有不舒服的感觉。如果症状轻，移位的子宫内膜坏死萎缩，分娩后症状缓解也有可能治好。如果巧克力囊肿过大，应该手术治疗。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。