肾囊肿的治疗要看囊肿的大小和位置。如果是比较小的是囊肿，比如在四厘米以下，那么肾囊肿就不需要特殊的处理，定期复查泌尿系统超声就可以，一般每3到6个月复查一次。如果是囊肿大于五厘米，或者是出现的反复的泌尿系统的感染，腰疼，那么就需要做手术来治疗了。手术一般是做一个腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，手术损伤比较小，是微创手术，住院时间也比较短，预后很好。
如果仅为单侧单个肾囊肿，或双侧少量的肾囊肿，直径一般2cm左右。无明显的临床症状，通常在体检过程中被发现，不需治疗，只要6个月到1年随诊即可。如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，则会影响肾功能或引起尿路梗阻，需要手术治疗，手术一般是做一个腹腔镜下肾囊肿去顶减压术。
肾脏多发性囊肿是良性疾病，如果体积比较小，没有明显的症状，对肾实质不造成压迫，不影响肾功能，可以动态观察，定期随访。如果囊肿的个数比较多，而且直径大于六公分以上，对肾实质造成了明显的压迫，就需要积极的处理。
肾脏有囊肿的病症，应该积极的进行治疗，防止这样的病症进一步的发展，而引起肾功能减退性的病症的发生。肾囊肿是肾脏中不同大小的囊性肿块的总称，与外界无关。去当地三甲医院进行手术。
囊肿如果不是很大是可以不用治疗的，做好定期复查就可以。如果囊肿大，那就需要进行穿刺手术治疗。肝脏和肾脏囊肿都是属于先天性的增生，但是平时饮食生活不注意，也会引起囊肿的。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。