一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
打完甲肝疫苗后发烧可能是出现的不良反应。
事实上，接种A型肝炎的疫苗非常的安全。大多数人打完了甲型肝炎疫苗并没有什么不适，但也有少部分人打了甲型肝炎，会有皮肤肿胀、硬结、皮肤疹子、发热等症状，有些人甚至会有严重的过敏性，可以通过打甲型肝炎的方式进行治疗。甲型肝炎疫苗分为甲型灭活疫苗和甲型减毒活疫苗，需要根据具体的情况进行接种，通常会生成足够的抗体。
各种预防针和疫苗往往是生物制剂或者是灭活的病毒活株，这些东西注射到人体内以后会，诱导人产生免疫反应而产生抗体的，同时会出现发热等不适症状，这是注射完疫苗以后的正常现象，不用特别担心，可以给孩子多喂水。
注射疫苗之后出现发热症状的话，不排除是由于受凉等原因导致的情况，也有可能是由于疫苗作用引起的，如果条件允许，及时去医院检查血常规，观察具体情况，观察孩子是否有其他症状。需要检查血常规和咽部的人工检查看看，如果是病毒性感冒，可以用药物治疗的，注意多喝水。
接种甲肝疫苗一周后如果出现发热，要看是不是甲肝疫苗的副作用，或者是其他疾病引起的发热。
通常，接种了甲肝疫苗后，如果有不良反应引起的发热，那么大多数人在接种了甲肝疫苗后72小时之内，一周之内就会出现这种情况。因此也有可能是与感冒、其它病毒、细菌感染、自身免疫有关的疾病有关。首先要找出原因，才能进行针对性的治疗。如果积极治疗的话，一般情况下是可以稳定的。
孩子打疫苗后发烧，有些孩子打完疫苗后会出现发烧那是因为疫苗本身也是一种抗原，它要刺激机体产生免疫防疫产生抗体，机体获得了抗体也就是抗病毒的物质也就是有了免疫力。孩子在产生抗体的过程中会出现一些反应比如低热是正常的，一般不会有其他症状，而且发热一般不超过38.5，两天就自然消退了。