大部分疾病都可能会导致新生儿哭闹，但新生儿哭闹的主要病因有以下几种：
1、肠道寄生虫：如钩虫、鞭虫、蛲虫等，会引起腹痛、神经系统变化、消化功能、营养不良等。
2、口腔炎症：由于病毒、细菌、真菌等原因导致的卡他性口腔炎、咽炎等都会导致宝宝的啼哭，而在儿童牙萌出时，会出现牙痛。
3、中耳炎：中耳炎还会因为疼痛而反复哭泣，尤其是在晚上。所以对于经常啼哭的孩子，要做好耳鼓膜的检查，如果是中耳炎，要立即进行治疗，以免造成听力损害。
4、低钙：儿童低钙时，会出现兴奋、烦躁、易激动、哭闹、惊吓、睡眠不安等症状，钙疗法是有效的。
5、湿疹：小儿啼哭的主要病因有尿布疹、湿疹，父母要注意及时的护理和处理。
新生儿出现黄疸时哭闹一般不会很厉害。
新生儿黄疸分为生理和病理两种。在第一次使用72小时后，60%的宝宝出现了生理性的黄疸。新生儿黄疸后食欲下降、溢奶，有可能会引起啼哭，但通常不会太厉害。一般在出生7-10天后就会消失。有些新生儿在喂奶时，会逐渐消失。可以通过喝葡萄糖水来缓解黄疸，必要时可以暂停哺乳。如果出现严重的黄疸，可以采用及时去正规医院采取光疗法。
哭闹是新生儿表达情感和需求的一种表现形式，有的是生理性的，哭闹的声音不大；病理性的哭声会比较尖锐、持续时间比较长，甚至会出现身体晃动。
病理性的哭闹主要是因为鼻子阻塞导致的，只能用嘴呼吸，还可能是乳汁过敏、肠套叠、肥厚型幽门狭窄、崁顿疝等。
如果是生理上的哭泣，可以不治疗，但是如果是病理性的，应该马上去医院，如果是因为不清楚的原因，可以减少喂奶的次数，把热水袋放在小腹上，不要乱吃镇静药。
新生儿黄疸是生理性黄疸，大多不会哭闹。
新生儿黄但是指出生后由于某些原因导致孩子体内胆红素带血出血异常，导致皮肤、巩膜、粘膜等出现黄染。生理性黄疸一般分为生理性黄疸和病理性黄疸，出生后会出现生理性黄疸，一个星期左右会消退。病理性黄疸一般不会自行消退。生理性黄疸一般只在新生儿面部、颈部或身体皮肤出现黄染，不会出现其他明显症状。病理性黄疸不仅会导致孩子皮肤黄染，还会导致孩子出现精神萎靡、食欲不振等症状。
一般情况下，新生儿哭闹不止可能是以下原因：
1、生理性原因：是宝宝的一种表现情感需要的自然反映。可能是由于饥饿，炎热，寒冷，惊吓，这时家长只要安慰孩子，孩子就会安静下来；
2、病理性原因：需要引起足够的注意。发热、佝偻病、湿疹、口腔疱疹等都会引起宝宝的啼哭。如果孩子晚上有不明原因的哭泣，可以从生理方面着手，如果没有好转，要考虑是由于病理引起的，需要到正规的就医。婴儿啼哭的原因比较复杂，如果不清楚原因，最好去正规的正规的医院进行检查。