卵巢内有畸胎瘤的话会影响到卵巢的正常功能，如月经紊乱等，盆腔内有积液，影响女性正常排卵，很难怀孕，或者流产可能性大。所以一般卵巢畸胎瘤可以进行手术切除，良性肿瘤一旦切除复发的可能性很小，切除后月经恢复正常，排卵期正常。可进行超声检查，可以知道子宫内膜厚度是否恢复到月经来潮的厚度，盆腔内积液是否减少，如果有明显改善，再调理一段时间，就可恢复到正常排卵了，不久就可以怀孕了。
卵巢畸胎瘤有的是良性的，也有的是恶性的，一般良性的表现比较多，见生长速度比较慢，也可以长期没有任何变化，有的可以缓慢增大的。在手术之后所接受的组织还需要进行相应的病理检查，也是作为确定性质的依据，一般良性的手术之后较少出现复发的。
如果是很大的，第一个是卵巢的储备率下降，对卵巢功能造成损害。特别是恶性的，如果两侧卵巢都切除，会提前出现更年期；如果是良性的、切除单个的，甚至＜5cm这类的病例，切除后并发症是很少的。
卵巢畸胎瘤不会对怀孕造成不利影响，反而是怀孕会容易造成卵巢畸胎瘤破裂，只要卵巢功能好，月经正常，排卵存在，就可以生育，但是随着孕周增大，膨胀的子宫压迫卵巢容易造成畸胎瘤破裂引发大出血。
卵巢畸胎瘤，如果是成熟卵巢畸胎瘤，复发率在2%左右，一般见于双侧病变的患者。如果是未成熟卵巢畸胎瘤，复发率在50%以上，而且从未成熟到成熟转化，但是随时间推移，恶性减低。
畸形瘤在手术结束后，在饮食上需要特别注意，不能吃很多食物，比如羊肉、胡椒和公鸡，这些食物摄取过多，伤口出血的现象会更加严重，还有一部分食物是头发。吃这些饭菜，卵巢畸形瘤会复发。