肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。
腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。
口腔囊肿以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。
婴幼儿蛛网膜囊肿的话，一般会容易引起压迫脑组织产生头痛呕吐的表现，会容易引起颅内压升高，采用开颅的办法来进行治疗，要注意观察有没有出现瞳孔的变化，平时也要注意清淡饮食。
如果囊肿比较大，或者出现炎症反复的情况还是积极选择微创手术，长时间易导致孩子鼻塞或伴随头晕等不适的情况，配合观察体温的情况是否正常，平时避免着凉或者积极减少冷空气等刺激。
阴茎皮下有一个囊肿，基本上是考虑局部的组织液渗出，然后被表皮包裹后引起的外形，可以通过消炎的药物去控制治疗恢复，还有一个就是可以通过常规的穿刺吸出液体进行治疗控制恢复达到临床治疗好转，而没有其他的不良反应和并发症。少吃辛辣生冷寒凉刺激食物，早期明确诊断治疗帮助效果都会更大，恢复也会更快。