可以通过手术矫正，隐匿性阴茎治疗主要包括观察等待和手术矫正。肥胖儿隐匿性阴茎经减肥可明显改善。对于青春期以后仍无明显好转的隐匿性阴茎可以行手术矫正。
隐匿性阴茎临床较为多见，对隐匿性阴茎患者来说，究竟该怎么处理，仍需结合患者具体情况进行分析。
有部分患者因为自身体质较差，导致出现了隐匿性阴茎问题。一些病人可能主要是由于肥胖原因导致的阴茎隐匿性，对于这一部分病人可先减肥和控制体重，体重下降时，也许隐匿性阴茎减轻。另外还有一部分患者则因为患有高血压等相关因素导致出现了隐匿性阴茎。而有的病人若减肥失败或因其他一些原因，甚至是先天性原因造成的隐匿性阴茎，则需及时手术，用手术暴露阴茎，多数患者亦能获得较理想疗效。
阴茎的大小跟遗传，体质等因素有关，如果阴茎勃起后长度超过8厘米，一般不会影响性生活，性生活的质量主要取决于性技巧及性经验，跟阴茎大小关系不大。如果阴茎勃起后长度不足8厘米，且难以进行性生活，建议到当地三甲的男性科就诊，必要时可进行手术治疗，不要到私立男科医院就诊，以免上当受骗。
隐匿性阴茎及时进行手术治疗效果是比较好的，平时注意观察病人的表现，注意手术以后的清洁卫生，少吃辛辣刺激性的东西，结合具体的表现对症治疗控制一段时间，并且平时不要有紧张的状况。
对于青春期以后仍无明显好转的隐匿性阴茎可以行手术矫正。手术中主要切除阴茎肉膜层中束缚阴茎的纤维束带组织以及肥厚的阴阜脂肪垫，使阴茎完全松解并充分伸直，并将阴茎皮肤和筋膜固定在阴茎上，以防退缩。