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肾结石的形成病因至今尚不清楚，可能与遗传，体质，基因以及病人的生活环境，饮食习惯有关。
理论因为是体内肾盏形成斑块，所以尿中的钙离子、草酸根离子含量过多、过饱和而被吸收到尿中形成草酸钙结晶并粘附于斑块表面。最后因尿液中沉渣结晶、长时间粘附而引起体积不断增大，于是就形成了结石，于肾盏中称肾盏结石、于肾盂中称肾盂结石、合称肾结石、多为肾结石的理化成因。
肾结石一般是由尿液中的物质在肾脏中积累形成的。
肾结石有一定的病因，例如输尿管狭窄阻塞性阻塞等。有的患者会患上某些基本的病症，比如说患有痛风的患者会出现肾结石，而甲状旁腺机能亢进的患者也会出现肾结石。还有的患者由于日常生活中的不良生活方式和饮食方面的原因，比如经常饮用少量的饮水的患者会出现肾脏结石。另外，在日常生活中，如果经常吃含有结石的食品，很有可能会引起肾结石。
肾结石的形成包括年龄，性别，饮食，生活习惯等，大致可以分为三个原因，第一个原因就是尿液中成分发生改变，比如尿中草酸的含量，钙质增加导致肾结石的发生，再一个，就是一些药可以导致肾结石的发生，比如磺胺类，激素类药物等，可以促进肾结石的形成，再有的就是一些先天性的因素，比如肾盂输尿管连接部狭窄等，先天畸形导致尿流不畅，也可以导致肾结石的发生。另外泌尿系感染可以促进结石形成。
引起肾结石的原因很多，最常见的是由于饮食的原因，包括喜欢吃些豆制品，动物内脏，海鲜，喝水比较少，排尿比较少，都容易引起结石，尿路感染反复也容易引起结石。出现肾结石不要太紧张焦虑，小1cm的结石可以通过口服相关药物，促进结石得排出。
一般情况下，影响结石形成的因素有很多，年龄、性别、种族、遗传、环境、饮食习惯、职业等因素，以及代谢异常、尿路梗阻感染、异物、药物等因素都会导致结石形成。重视并解决这些问题，可以减少结石的形成和复发。还有就是形成尿结石的物质，比如痛风患者尿酸排出增多，就会形成尿酸结石。尿量减少会增加盐、有机物质浓度，也容易形成结石。
通常情况下，肾结石与痔疮无关。
痔疮通常肛垫松散地粘附在肌肉臂之上，便后借由本身纤维收缩作用使肛管收缩，当肛垫充血或肥厚时，很容易损伤出血，脱出肛门，从而形成痔疮，与肾结石无关。
便秘、怀孕、前列腺肥大及膀胱、即盆腔巨大肿瘤等均可导致直肠静脉回流阻滞而扩张弯曲形成痔疮，肛腺及肛周感染还可导致静脉周围炎。