隐匿阴茎如能上翻包皮暴露阴茎头，可不必手术，隐匿阴茎随年龄增长逐渐好转。手术目的是扩大包皮口，暴露阴茎头。应注意不要做简单的包皮环切术。手术方法：沿包皮口环形切开包皮外板。
首选治疗原则为减肥，会阴部的脂肪减少或发育后阴茎生长，多可恢复常态。若是已经发育完全，减肥后效果不佳的，可以考虑手术治疗，手术的原则是扩大狭窄的包皮口，切除限制阴茎伸长的纤维索带和增厚的肉膜，将阴茎海绵体从会阴部脂肪中提出来，牢靠固定防止阴茎回缩。
隐匿性阴茎会导致阴茎的发育短小，而且还可以导致阴茎不发育，到6~7岁的时候可以进行手术进行治疗，如果在6~7岁左右孩子的阴茎发育正常，可以不用通过手术治疗，隐匿性阴茎手术越早做越好。平时需要注意孩子的卫生，勤洗澡，勤清洗。
隐匿性阴茎是一种常见的先天发育异常和畸形性疾病，和小儿包皮过长或包茎是有区别的。孩子阴茎短小，有真假之分，其中假性阴茎短小较多见，而这假性阴茎短小又以隐匿性阴茎最为多见。隐匿阴茎一定要在一定年龄内（３－５岁）给予矫治。
一般这么小孩子的阴茎都是隐匿的不是非常小就没事，一般如果有包皮的也要等长大了才能做，因为现在孩子还在发育过了以后才能看出来怎么治理或者自然就没事了，毕竟太小还在发育中吗等着吧一般到了十来岁再做处理比较好太小太大都不行。
隐匿性阴茎如果不做手术，任其长此隐匿，不能外伸，阴茎体发育就会受到限制。手术治疗的效果是比较好的，让阴茎变长，以后不影响生育，也不影响正常的性生活，建议手术改善。
