灌肠对肠粘膜可造成不同程度损伤。
灌肠是将一定量的溶液直接注入直肠结肠，刺激直肠结肠的蠕动而引起排便，但是可引起肠粘膜水肿、易拉肚子，可有腹痛，不过一般是一过性的，不发生肠炎之类的疾病，无法服药，则可考虑灌肠。如果需要长期使用，最好还是要用一次性肛管，因为肛管套在直肠里比较舒服。儿童一般不宜灌肠多使用肛塞药品，肠道黏膜薄弱，完全吸收药品。
灌肠是把液体和药物通过肛门注入肠管来达到清洁和治愈的目的。如果不配合，灌肠的好处能够避免打针吃药能起到药物退烧作用，但是坏处是灌肠时不小心可能导致肠穿孔和出血等肠壁受伤，因为肠壁比较薄，出现以上的状况可能比较大，而且用激素抗生素，药物等剂量不好掌握，容易增加过敏和药物耐受，严重时会导致结肠炎或者肠道菌群发生改变，肠道感染。
通常情况下，小儿叠肠灌肠后出现腹泻是很常见的现象。灌肠可以减轻肠胃的压力，帮助消化道排泄。另外还需要进行静脉营养和抗生素的注射。随时注意病情的变化，如不能改善，必须尽快进行手术，避免延误。由于儿童的各项器官还不十分成熟，免疫力也比较低，建议平时要做好相关护理，避免受到疾病的侵袭，一旦出现不适要及时就医治疗。
一般情况下，小儿灌肠不会引起肠炎，肠炎是由细菌、病毒、真菌、寄生虫等引起的。
一般急性肠炎后，灌肠是最有效的治疗方法，尤其是小儿腹泻时，灌肠效果很好，容易接受，且无副作用。
需要注意的是，家长要让保证孩子充足的睡眠，避免剧烈运动，同时禁止饮水，让胃肠得到充分的休息，等到腹痛减轻后再饮用。
另外，孩子在平时生活中还要注意保暖、多喝水、勤锻炼，多吃鸡蛋、牛奶等高蛋白的食物，以此来增强抵抗力。
小儿秋季腹泻可以用安痛定、地塞米松、利福平等药物来进行灌肠治疗。
利福平对由大肠杆菌引起的痢疾有很好的效果。对于拉肚子导致的腹部疼痛，可以通过服用安痛定来改善。通过灌肠可以缓解腹泻，但也存在一些隐患，尽量选用一些有止泻作用的药物，例如蒙脱石散。建议小儿到儿科就诊，在医生指导下进行针对性的治疗，控制病情。
小儿灌肠不好，虽然小儿不能服用应用药物或者害怕打针可以通过灌肠来治疗疾病，但是小儿肠黏膜比较薄弱，容易导致粘膜出血，严重时会导致肠穿孔，灌肠给药应用激素和抗生药物，随意改变药物的使用方法，增加敏感，抗耐药风险，并且灌肠容易改变肠道正常菌群环境，导致肠道感染，严重时会导致孩子水电解质紊乱，甚至危及生命。
