临床上以手术治疗为主，防止出现恶性循环。此外可以采用药物辅助治疗，服用止痛类药物和促裂口愈合的药物改善病情。平时做好自身清洁工作，适当参加体育锻炼，促进肠蠕动。
对肛裂应提倡早期防治。有人一生不患肛裂，其经验在于保持大便软化，有按时排便的规律，无久蹲强努的不良习惯。这是预防肛裂的根本办法。早期初发肛裂完全可以经保守治疗而愈。比如利用粗纤维饮食或润肠药物将大便调理软化，配合外用药热浴，外涂一下药物，若同时请专科医生帮助上引流药条，则康复更快，一周就能治疗。
肛裂溃疡的症状主要包括肛门可见异常分泌物，慢性肛裂周围也会有结缔组织或者是外痔，也可能会出现括约肌纤维。肛裂溃疡的治疗主要是以预防为主，如果症状比较严重，可以使用一些消炎杀菌抗病毒的药膏。
小儿肛裂多见是由于大便干结，排便困难原因导致的肛周皮肤破溃出血，形成肛裂创面。目前需要注意饮食，避免大便干结，宝宝多饮水，多进食青菜水果，可以应用清水清洗局部，涂抹药物，预防感染发生。
适当用止痛药物，同时定期进行坐浴治疗。做好伤口护理、换药处理。饮食方面上，避免刺激性饮食，禁忌烟酒，还有保持大便通畅，必要的时候可以考虑用一些缓泻药。肛裂手术后早期是会疼痛的。
肛瘘手术后大便一定要冲洗干净，扒开冲，不要怕水进入到伤口，将表面附着的一些粪渣、粪水全部清洗干净以后，可使用药物中药的坐浴，坐浴以后再去换药，换药主要也是为了控制局部的感染、促进肉芽的生长、促进伤口的愈合。饮食上注意避免进食辛辣刺激食物，多饮水，多进食青菜水果，避免久坐久蹲。