持续性房颤的治疗涉及到其病因的治疗。与甲状腺功能亢进一样，甲状腺功能亢进可引起持续性房颤，因此治疗甲状腺功能亢进有助于持续性房颤的治疗。控制心室率，重建窦性心率，预防栓塞。由于地高辛能增加房室传导的延迟和阻滞，故通常可通过地高辛控制心室率。例如，独自地高辛不够有效。维拉帕米(维必定)最有效。
48小时内心房颤动可以直接复率，否则需要前三后四周的抗凝治疗，房颤治疗主要是控制心室率，复率，预防并发症三种，房颤发病和高血压，冠心病，瓣膜病，甲亢有关系。可以到心内科诊治，注意休息劳逸结合，避免焦虑，戒烟酒，避免刺激性食物。
心房颤动治疗强调长期综合管理，即在治疗原发疾病和诱发因素的基础上，积极预防血栓栓塞、转复并维持窦性心律及控制心室率，医生会根据病因、临床症状不同等给予药物、手术或者射频消融治疗等不同的治疗方案。
对于已不适合药物转复或药物及电复律转复失败的老年患者，治疗目的则是控制心室率。目前常用药物有洋地黄、β受体阻断药、钙通道阻断药、胺碘酮等。中医药对房颤的主要干预手段有药物治疗、针灸疗法等，例如参附注射液，温补心阳，安神定悸。用于心阳不振所造成的心慌不安、胸闷气短。
有的心房颤动能根治，如孤立性房颤、阵发性心房颤动等，对此种情况可先考虑转复，转成窦性心律后，若日后不再发作，则算根治。
如转复失败，亦可行射频消融术（RFA）.射频消融术成功率可达甚至更高，获得成功后亦等于痊愈，但对持续性心房颤动（房颤），和永久性心房颤动（房颤），则难以根治，通常仅采用控制心室率和抗凝等方法。
在治疗小儿心房颤动时，要明确其发病原因和诱发因素，并针对其原因和诱发因素进行处理。
由于甲亢、甲减、先心病导致的心脏增大等原因，需要采取药物、外科封堵等方法进行处理；肥胖、急性肠胃炎引起的电解质紊乱、植物神经紊乱等都是诱发因素。如果在原发性或诱发因素得到抑制后仍存在房颤，可以使用抗房颤的药物，如果药物的抑制不了，可以考虑进行导管消融。具体的使用方法要根据临床情况，在医师的建议下进行。
对于阵发性房颤，现在常用的治疗方法就是采用射频消融法。具体内容如下：
通过此方法进行治疗，患者的五年的生存率可以达到70%-90%，对于一些持续房颤的病人，也有50%-70%的成功率。房颤射频消融法适合广泛人群，建议早期处理。手术之前要去正规的医疗机构进行检查，以确定是否有禁忌。如果有心房内有血栓的患者，应先进行抗凝剂治疗后再进行射频消融术。