巧克力囊肿是由子宫内膜侵入卵巢引起的，卵巢充血，月经时卵巢出血会增多，可能导致破裂后肿大，巧克力囊肿比较大，保守治疗效果较差，可尝试中药脉调理，可能有效。调节心情。注意休息，饮食，少吃辛辣刺激，少喝碳酸饮料。多喝温蔬菜汤。热敷治疗。
巧克力囊肿的病人可以吃肉。病人在饮食上没有明确的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶等均可以服用。但是对于特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂蜜、蜂王浆或者花粉类的食物，尽量减少食用或者不食用。
巧克力囊肿是可以吃高蛋白食物的，但是不能吃忌食辛辣刺激之物，应该以清淡的食物为主，多吃新鲜的水果和蔬菜，多吃高蛋白食物，这样可以提高人体的免疫力，预防多种疾病的发生。
服用中药汤剂，可以兼顾脾胃功能，3个月为一疗程，边治疗边随访，密切观察病情变化。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的，子宫肌瘤可能和内分泌有关，治疗有保守和手术两种方法，保守疗法一般是考虑中医中药的方法的。
取卵手术都是有一定的危险的。现在有很多因素导致了不孕症。只有通过试管婴儿来生宝宝，三分之一的不孕与子宫内膜异位症有关，因此，有巧克力囊肿的女性更不容易怀孕，而且怀孕后流产的风险更高。巧克力囊肿不仅会破坏卵巢的血管分布，还会减少卵巢对促性腺激素的反应，减少卵巢的储备。
巧克力囊肿破裂马上手术，因为囊液播散至盆腹腔会引起急腹症，还可能种植发生子宫内膜异位导致盆腔腹腔粘连，影响以后怀孕。如果是出血不多，那么可以考虑采取保守，根据目前的体质以及检查的结果来综合考虑。需要注意卫生，保持清洁，少吃辛辣生冷刺激性食物，增加营养，安全第一。