这种病的治疗主要是选择手术，故应进行手术切除，带蒂肿瘤切除较易，基底广泛的鼻咽部肿瘤、无明显呼吸困难者可暂缓手术，症状明显者可行咽侧切开。对于已合并有瘤体缺血、坏死化脓性改变的病人，应在手术之前进行积极的抗感染治疗，避免手术后造成感染的扩散。
畸胎瘤3.5公分属于比较大的瘤体，但是否需要做手术，主要是根据瘤体的性质来决定。如果是恶性的畸胎瘤，那么就需要尽快采取手术治疗，以避免癌细胞扩散。但良性的畸胎瘤，不一定需要采取手术治疗，而是可以通过吃药和运动治疗来达到康复目的。
如果畸胎瘤大于3厘米，应该及早手术。手术可采用腹腔镜或开腹手术。现在多使用腹腔镜手术，卵巢畸胎瘤因肿瘤为不均质性，容易发生肿瘤的扭转，一旦扭转必须急诊手术的方式治疗，多数症状下需切除扭转一侧的附件。
畸胎瘤是女方卵巢里面发生了没有男方精子参与的胚胎，向外胚层、中胚层、内胚层发展的，一种赘生性的、不需要的肿块。是没有精子参与的，跟受精卵一样也按胚胎方向发展，这叫畸胎瘤。多数畸胎瘤在卵巢里面，少数畸胎瘤不在卵巢里面，可以跑到卵巢以外，是极其罕见的。畸胎瘤生长不出一个正常的胚胎出来。
如果是恶性的畸胎瘤就需要进行全面分期手术了。这种全面分期手术需要切除子宫、双侧的输卵管和卵巢，以及大网膜、盆腔淋巴结和腹主动脉旁淋巴结。对于年轻需要保留生育功能的病人，如果子宫和对侧的卵巢未被肿瘤侵袭可以单纯切除患侧附件。
所有的手术必然都是带有一定风险的，不可能有完全零风险的手术。但是纵膈畸胎瘤手术就算是有一定的风险系数，但是进行手术治疗就能避免良性纵膈畸胎瘤因耽搁手术而发生了肿瘤恶变，同时可预防肿瘤感染、破裂、出血及并发症的发生。