咽炎是发生在咽部的无菌性炎症，而扁桃体炎是发生在扁桃体的炎症感染，通常是细菌感染引起的，而且累及双侧扁桃体。临床表现也有所区别，慢性咽炎会出现咽部异物感、刺激性咳嗽、嗓子干痒不适，扁桃体发炎期间也会出现咽部异物感，但很少出现嗓子干痒的现象。扁桃体发炎的病人可能会出现体温升高，特别是儿童，而慢性咽炎不会出现体温升高。
咽炎是咽喉部的炎症，扁桃体炎是扁桃体发炎，扁桃体发炎容易发烧，病情进展比较快。慢性咽炎一般多表现为咽喉部的不舒服，有痰，早晨刷牙感觉干呕。扁桃体炎一般多见扁桃体的肿大，而咽炎多是咽喉壁滤泡的增生。
如果咽炎表现为咽部黏膜的炎症，扁桃体炎表现为扁桃体本身局部炎症。咽炎通常伴有全身症状比较少，一般都是局部的咽痛、吞咽疼痛感。扁桃体炎首先会引起全身高烧，同时伴有全身不适感疼痛，精神萎靡、疲倦。
咽炎通常伴有全身症状比较少，一般都是局部的咽痛、吞咽疼痛感，扁桃体炎首先会引起全身高烧，同时伴有全身不适感疼痛，精神萎靡、疲倦。同时局部疼痛得更剧烈，同时伴有吞咽困难，还有吞咽疼痛更明确。
咽炎病人会出现声音嘶哑，咽喉发干的症状，这是咽炎早期常见的症状表现，肺癌病人可能会引起胸闷，呼吸急促的现象。咽炎的危害可能会引起其疾病的发生，如膈肌痉挛，呃逆等一些疾病。
