治疗内分泌紊乱首先要找出引起内分泌紊乱的原因，然后针对不同的原因进行相应的治疗。
1.高泌乳素血症引起的月经失调，可以通过服用溴隐亭等药物来降低泌乳素的含量。
2.由多囊卵巢综合症引起的高雄荷尔蒙，主要治疗方法是通过饮食、运动等生活习惯，通过饮食、运动等来控制体重、降低血糖。如果第一次治疗不起作用，可以服用达英-35等口服的短效避孕药，同时减少雄激素的使用。对于有生育需求的女性，建议进行促排卵治疗。
女性经期不调属于内分泌紊乱，属于功能性出血，可以通过口服药物来进行调理。
如果是青春期的功能性失血和处于生育期的妇女出现功能性出血，那么在处理上应以止血、调整月经周期、促排卵为主要原则。如果是围绝经期的功能性子宫出血，应以止血、调整月经周期为主要原则，并控制子宫内膜病变，避免其转化为癌症。
性激素药物具有止血和调整月经周期的作用，因此女性由内分泌紊乱所致的经期不调，可以在医生的指导下通过使用性激素药物来进行治疗。
治疗卵巢囊肿的中药主要是活血化瘀类的，常见的有当归、茯苓、益母草、桂枝、川穹等等，这些中药可能具有抑制卵巢囊肿生长的效果，甚至可使其缩小，常用的中成药有桂枝茯苓丸。需要注意的是，不同患者对中药治疗的反应不同，如果服用中药超过2个月，卵巢囊肿依然没有变小，可能需要进行手术治疗。但具体的治疗方案，需要去医院就诊后再确定。
卵巢囊肿可以是生理性的是正常的随生理周期的变化可以自然消失的或病理性的由于疾病而形成的囊肿，生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。
卵巢囊肿大多属于非肿瘤性囊肿，直径也很少超过5厘米，这些囊肿并不是肿瘤，大部分是良性的，能自行消退，无需治疗。若是恶性的肿瘤，短期内会明显增大，超过5cm，同时伴有剧烈腹痛等症状时需要及时手术。治疗期间可同房，但要适当节制性生活。卵巢囊肿一般对生育没有什么影响。
双侧卵巢囊肿通常进行手术治疗比较好。
双侧卵巢囊肿患者比较年轻或者年龄在停经之前，可以采用卵巢囊肿切除术来保存卵巢组织。如果无月经异常或无怀孕的情况，只有一方卵巢囊肿较为显著，可采用患侧卵巢囊肿剥除术。
如果是高龄患者或者是绝经后的女性，并且卵巢囊肿太大，对患侧的卵巢造成了很大的压力，而彩超没有发现有正常的卵巢组织，就需要做输卵管卵巢切除术。
