由于睡眠型癫痫发作在睡眠期，脑电图（EEG）很难捕捉到异常放电，必要时可通过24小时脑电图全天性监测异常放电，这样才能准确检测异常放电，辅助睡眠型癫痫的诊断。发作时脑电图约30%病例见额区为主的发作期异常放电，约半数病例仅表现为前头部节律性慢波，10%的病例发作期脑电图显示弥漫性背景活动变平。白天清醒期脑电图仅11.8%出现痫样放电。
睡眠暂停低通气综合征的诊断，首先要了解上呼吸道的阻塞情况，判断患者的颅颌面发育是否异常，使用多导睡眠图监测仪来判断疾病的严重程度，通过全面评估患者睡眠中的呼吸暂停情况，低氧情况以及心电、血压的变化，进一步了解患者病情发展程度。同时也可以使用鼻咽纤维镜和x线投影测量，通过动态和静态结合的方式，对气道情况作出诊断。
诊断睡眠呼吸暂停可根据患者家属描述，根据病人打呼噜时出现呼吸停顿，由医生采用睡眠呼吸监测仪来进行佩戴过夜，测定是否出现呼吸暂停、呼吸暂停次数、暂停时间以及呼吸暂停种类来诊断。呼吸暂停分为阻塞性、中枢性和混合性睡眠呼吸暂停。通过睡眠呼吸监测可甄别出呼吸暂停类型，判断轻度、中度和重度，采用相应的方法进行治疗。
常见的眠型癫痫症候包括睡眠中突然睁眼、唤醒，或有惊恐表现，多伴肌张力不全或其他运动障碍，所以睡眠相关性癫痫一旦确诊，一般需进行正规抗癫痫治疗，否则反复发作有可能影响神经精神功能。
意识模糊性觉醒需要与以下疾病鉴别诊断：
第一种是和睡行症的鉴别，睡行症是一种以步行为主的复杂的活动，大多数是突发性的，并伴随着自主神经的亢进。
第二种是睡惊症，病人在睡梦中突然苏醒，伴随着尖叫和哭泣，伴随着剧烈的恐惧，剧烈的身体活动，还有精神上的兴奋。
第三种是就是和日落综合征的鉴别，就是在晚上，在夕阳西下，昏黄的那一刻，病人的精神状态会有所降低，会出现昏迷、幻听、精神恍惚、感染、精神错乱等症状。
一觉醒来脖子疼一般可以通过物理治疗、药物治疗等方式来止痛。
睡眠中醒来会有颈椎痛的现象，可能是因为落枕导致的，一般是由于颈肩部的肌肉受寒，或是长期的不正确的颈肩姿态所致，表现为颈肩肌肉酸痛和颈部活动功能受到限制。如果出现这样的症状，可以通过颈椎支架来控制颈部的运动。可以进行颈椎的热敷、物理、针灸、推拿、按摩等综合治疗。出现痛感时可以在外用一些抗炎止痛的药物，比如氟比罗芬脂膏贴或者扶他林膏。