牙龈囊肿的治疗原则是手术治疗。牙龈囊肿是良性肿瘤，良性肿瘤的治疗原则是手术切除，所以有了牙龈囊肿，就可以手术切除。手术方式是沿囊肿的包膜进行剥离，将囊肿完整摘除。
牙龈囊肿是胚胎发育过程中的牙板上皮或龈上皮剩余由于外伤等因素刺激，发生病变形成囊肿，好发于下颌尖牙、前磨牙区牙龈，需局部手术切除，较少复发。术后需要抗炎对症治疗，局部冰敷，保持口腔清洁，防止术后肿胀、感染，一周以后可以拆除缝线。
腹腔囊肿是腹腔脏器或组织病变，产生渗出液被完整包膜包裹而形成。是良性病变，主要可能对周围组织产生压迫症状，如果囊肿不是很大，一般没有临床症状，且生长速度较慢，一般不超过5cm，无需处理，可定期复查超声，如果囊肿大于5cm或对周围组织、器官产生压迫症状，应考虑手术切除。
肛门囊肿通常指的是肛周脓肿，是因为直肠肛管组织内或者周围间隙内的感染而形成囊肿一。大部分的囊肿在破溃或者手术切开引流后容易形成肛瘘。肛周脓肿是属于炎症过程中的一个急性期，而形成肛瘘以后则进入慢性期。
属于颌骨囊肿，无疼痛，会逐渐加重，严重损伤骨骼，到医院口腔科拍x光片即可确诊，确诊后需要手术治疗，保守治疗无效，如果属于根尖周炎引起的囊肿，需要对这颗牙齿进行根管治疗，然后进行根管治疗再摘除囊肿。平时，尽量不要频繁刺激囊肿，以免感染。
