药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。其囊内液是一种类似巧克力的、十分稠厚的液体，其吸收过程是极其缓慢的，临床上常见绝经多年的巧囊仍持续存在。因此，药物治疗可能会使巧囊的体积有所缩小，但消除巧囊的比较困难。如果药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧或生育功能仍未恢复者或巧囊直径大于5-6cm，特别是迫切希望生育者，可以经过腹腔镜手术剔除。
需要的。附件囊肿的手术指征是囊肿的直径超过7厘米。可以通过腹腔镜进行手术治疗。如果不进行手术切除，在剧烈活动时，容易发生囊肿蒂扭转造成急腹症。注意自己的饮食卫生，避免食用过于油腻的东西，因为脂肪的堆积影响伤口的愈合，减弱身体对细菌的抵抗力。
卵巢囊肿超过5cm就手术治疗了，囊肿9cm是比较大的。容易引起蒂扭转而大出血。按照医生医嘱及时住院手术治疗，术后注意观察阴道流血情况和下腹疼痛情况，同时要注意休息和个人卫生。
一般囊肿的直径小于5厘米，多为功能性囊肿，月事来后会自行减小或者消失。可以密切随访，现在只要月事按时来潮，这个就没事，月事有推迟的情况，可以使用调经药物控制治疗下。可以调理下月事，也可以使用些软坚散结的药物，使用抗生素是没有意义的等月事干净后再去复查即可。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术，不是不想手术，就可以避免的，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
巧克力囊肿可以吃鸡蛋。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到了卵巢，是不影响正常的进食的，鸡蛋可以补充蛋白质，有利于组织的修复，可以养心安神，滋阴润燥，对病情是很好的，但是如果有腹泻，发热的症状就不能吃了。对巧克力囊肿也没有直接的不良作用。
