临床上引起男性阴茎短小的原因有，促性腺激素分泌不足的性腺功能减退、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退、原发性小阴茎。对于前两种是可以通过激素调整的，但是对于激素调整不成功的，只能是通过外科手术了。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
男性在进入青春期以后，受体内雌雄激素的影响，身体的生长发育进入一个黄金阶段，阴茎也不例外。1阴茎生长发育基本接近成人，如果阴茎过于短小，就说明是内分泌方面出现了问题，或者是手淫过频。
阴茎短小是可以通过阴茎延长手术治疗的，手术对身体的副作用是很小的，一般半个月左右就可以拆线，也不会影响性生活，每晚睡前用指腹按摩阴茎，每次15分钟或用温热毛巾紧裹阴茎，并用双手反复慢慢搓揉，每晚15分钟，为常用的自康复疗法，对阴茎短小有疗效。
