引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
根据孩子的症状，应该属于假性隐匿性阴茎，有可能是先天发育异常造成的，也有可能是孩子肥胖等原因造成的。对于孩子现在的情况，是不需要进行治疗的，如果青春期后还有隐匿性阴茎的症状，可以手术进行治疗，你家孩子要合理喂养，适当的补充维生素D。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
测量阴茎的大小，注意阴茎勃起后的长度，直径和硬度，短阴茎的诊断不能轻易确定，临床上，有很多人认为的阴茎短小不是真的阴茎短小，是由于个体差异和其他因素造成的错觉。
1.阴茎短小是指外观上阴茎相对较小的一种疾病。病因包括隐匿性阴茎和一些内分泌因素引起的阴茎短小。2.阴茎短小一般是取决于基因，但生理发育完、体寒、怕冷、包皮过长、体内阳气不足、缺乏雄性激素都可能导致阴茎短小。对年轻人来说，太胖也会导致阴茎短小。
这是受遗传因素的影响，真性阴茎短小大多都是先天性的，少数一部分为后天性的。在医学上，先天性的睾丸发育不全症又称为克氏综合症。男性朋友的身材高大而阴茎却短小。激素水平不足也会导致阴茎短小。
