可以通过手术到达良好的治疗效果的，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗。可以利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。也可以利用裂隙邻近组织瓣封闭裂隙，延长软腭，将错位的组织结构复位，以恢复软腭的生理功能。
唇腭裂是一种先天性发育问题，可能是由孕妇在妊娠早期接受的放射性物质或病毒感染引起的。一旦确诊，需要进行外科修复，这可能会影响病人的正常饮食和发音。重症病人的手术可能不会一次完成，而二期甚至三期的手术需要在后期进行。
治疗唇腭裂要进行手术治疗，唇腭的整形手术可能要分多次完成，寄希望于一次手术即可成功是不现实的。唇腭裂要初步诊断病患程度如何，要尽早治疗，按照序列治疗的程序进行治疗。可以利用裂隙邻近组织瓣封闭裂隙，以恢复软腭的生理功能。也可以利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，以改善腭咽闭合。唇腭裂疤痕修复手术具体方法是将异位的口轮匝肌复位，恢复肌肉的连续性，达到功能性修复。注意唇裂疤痕修复的正常高度，人中居中，上唇两侧对称。唇裂者常伴有鼻部畸形，应同时矫正鼻小柱偏斜，增加鼻小柱高度，矫正鼻翼塌陷，恢复鼻孔基本对称。
治疗的方法有修复腭裂手术的治疗基本原则是延长软腭，闭合腭咽，恢复正常吞咽和发音功能。还有原则治疗的方法，明显提高大龄患者的腭咽闭合率，对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
对于唇腭裂患者的最佳手术时间，原则上是越早治疗越好。唇裂手术在患者机体免疫力健全的情况下，最早可在出生后24小时内手术，也可在出生3个月后，因为这时不仅婴儿的免疫力较强，可以耐受感染，而且这时机体的组织细胞也都很幼稚，不易形成瘢痕，为术后畸形恢复，创造良好的条件。而腭裂手术最早也要在婴儿出生后6个月以后进行。
