口腔疱疹指疱疹性咽峡炎，而不是指单纯疱疹，因为单纯疱疹出现在口周、嘴唇附近，可以出现在皮肤上，并不是在口腔之内，手足口病的皮疹除了口腔之内，还可以出现在手心、脚心、肛周，皮疹的形态主要是红丘疹、疱疹。
单纯疱疹与手足口病的区别可通过感染的病毒类型、水疱分布、表现及病人症状识别。如Ⅰ型单纯疱疹由疱疹病毒感染引发，仅头面和口唇部有小水疱，水疱疱壁薄且易破裂糜烂，易复发，病人极少发热。
疱疹性咽颊炎的疱疹位置主要以口腔为主，而得了手足口病的孩子，疱疹除了出现在口腔以外还会出现在手，足，口，臀部或者膝盖部都会同时出现。手足口病和疱疹性咽颊炎都属于肠道病毒引起的呼吸道传染病。
手足口病(HFMD）是一种口腔疱疹病毒感染。也是一种病毒感染，但主要的病毒类型不同。口腔疱疹主要表现在口腔，有一些疱疹病人，主要表现为发热、咽喉疼痛等症状，手足口病病人主要表现为手脚以及口腔粘膜等部位的疱疹。日常生活中应要注意个人卫生。
疱疹，一般包括水痘、带状疱疹等，水痘和带状疱疹的疱疹内，液体比较多。手足口病皮疹，是先出现红色丘疹，主要发生在手、足、臀、腿、口腔内。红色丘疹，可以发展成为疱疹，疱疹内液体比较少，进一步发展成溃疡。
疱疹性咽峡炎与手足口病是有一定的区别，主要的原因区别就是，致病的病毒并不是同一种，疱疹性咽峡炎只是累及口腔黏膜，但是手足口病可以累及到手部以及足部，但是都是由于病毒感染导致的，治疗原则基本差不多。虽然疱疹性咽峡炎和手足口病有很大的区别，而且两者的症状严重程度也不是特别相同，但是都是要采取应用抗病毒的药物进行治疗。