巧克力囊肿做腹腔镜手术是不会疼的，因为在手术中会用到全麻，病人会在麻醉结束后昏迷。
手术完成后，患者可能会出现小腹的疼痛和不适，这是因为麻醉药物药力会逐渐减弱，直至消失，但这种不适症状通常在术后24小时能够自行消失。做手术之后一定要卧床休息,不要做剧烈的运动,还要注意腹部保暖,避免着凉，饮食以清淡、营养为主。
6公分巧囊先手术。
巧克力囊肿对于备孕会有一定的影响，巧克力囊肿大于5厘米，比如巧克力囊肿6cm最好行腹腔镜手术切除，切除后根据身体恢复情况再考虑备孕。因为巧克力囊肿发生之后，卵巢功能会受损，女性不是早衰就是不怀孕，这个疾病应该引起女性的重视。
建议及时去当地正规医院完善相关检查，行腹腔镜手术，注意休息，避免劳累，保持心情舒畅，吃清淡易消化饮食。
目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
巧囊手术可以看到盆腔粘连的。所以在巧囊术后盆腔粘连如果情况严重，是需要再做一次手术治疗。在平时要多注意休息，避免熬夜，保证充足的睡眠，多开窗通风，保持室内空气流通，多喝白开水，不要感冒，不要上火，多吃新鲜的水果蔬菜。
巧囊是否需要手术主要取决于巧克力囊肿的大小。如果巧克力囊肿相对较小，可以动态观察，暂时不用手术治疗。然而，如果巧克力囊肿影响妊娠或特别大，则必须通过手术切除，以防止出现不可逆转的后果，如巧克力囊肿破裂或蒂扭转引起的腹痛，或卵巢坏死。平时注意休息，定期检查子宫附件。如果有特殊情况或腹痛，应及时去看医生。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。