甲硝唑是临床上治疗厌氧菌感染、阴道滴虫病和贾第鞭毛虫病的首选。甲硝唑的疗效与患者的疗程和剂量密切相关，使用不当可能会造成疾病治疗效果不佳，不良反应增加等不良后果。所以临床患者根据使用说明书或者医生的处方，禁止擅自更改使用剂量，或者延长服用时间，以免增加不良反应发生的可能。
常用于各种厌氧菌的感染，比如可以治疗厌氧菌引起的败血症、腹腔感染、盆腔感染、妇科的感染或者是骨和关节的感染，或者是牙周的感染等。而且还常用于治疗阴道的滴虫病，可以治疗肠道和肠道外的阿米巴病，还可以用于治疗小袋虫病或者是贾第虫病等。
药是消炎药物的，一般口服用于一些白细胞高，消炎的作用的。对于牙痛等也有一定的功效，妇科的一些细菌性阴道炎，也是首选处理的。多用暖袋热敷小腹部，或者在美容的地方做个暖宫效果是非常好的。平时注意好的卫生习惯，多用温水冲洗外阴保持局部的清洁干燥，勤换内衣内裤，多穿棉线的内衣内裤减少一切刺激性因素。
甲硝唑主要是预防和治疗厌氧菌的感染，如口腔厌氧菌的感染，牙龈炎，牙髓炎，龋齿引起的牙痛等可以用甲硝唑。可以治疗敏感菌引起的消化道，下呼吸道，皮肤软组织，腹腔炎，脑膜炎，感染性心内膜炎，生殖系统，泌尿系统，骨关节等部位的厌氧菌感染。也可以治疗阿米巴肝脓肿。
可以治牙痛。有抗厌氧菌感染的作用，配合使用消炎类的药物，对口腔内的细菌有特别的抑制作用。牙痛通常有厌氧菌的感染，并且会产生大量的细菌滋生，再加上消炎类药物，能够有效的抑制牙痛现象。
在牙龈发炎的时候建议抗炎治疗，口服甲硝唑片和头孢类的抗生素。因为一般牙龈的炎症，都是厌氧菌为主的混合感染，所以要两类药物同时服用。但是要想去除牙龈炎症，单纯的抗炎治疗不能解决问题，需要到正规医院的口腔科进行牙周治疗，也就是去除龈上牙石和龈下牙石，再进行牙龈冲洗。