小儿结膜炎通常会出现严重的症状，主要是由于眼部肿胀、结膜充血、渗出、发热等。对于儿童的结膜炎，需要引起足够的注意。使用不含有任何防腐剂、不刺激性或不含任何防腐剂的滴眼液，例如：乳酸左氧氟沙星眼药水和利巴韦林眼药水。如果需要，可以服用一些抗菌药物。眼睛的分泌物要尽快清洗。在夜间使用红霉素的眼睛。要经常洗手，避免用手搓眼。要多摄入维生素丰富的食品，并且要有足够的睡眠。
婴幼儿患上结膜炎，通常可以通过使用药物进行治疗。
结膜炎是发生在覆盖于白眼球表面和眼皮内表面的结膜组织的炎症，婴幼儿结膜炎需要局部用药，用药次数要根据病情不同，不能遮盖患眼，以免引起结膜囊内温度升高，有利于细菌生长繁殖，局部用眼药水、眼药膏等，不能盲目使用各种眼药，以免延误病情，造成严重后果，需要及时就医，在医生指导下规范使用眼药配合治疗并规律随访。
幼儿结膜炎用什么眼药水需要根据具体情况来确定：
对于儿童的结膜炎，应该做一些眼科的检查，确定是否是炎症性结膜炎或者是过敏性结膜炎。其次要找出病因，细菌感染、病毒感染、衣原体感染等都是炎症性结膜炎，可以使用更昔洛韦或者是阿昔洛韦治疗病毒感染。利福平眼药水和红霉素眼膏是治疗沙眼衣原体的有效方法。避免过敏性结膜炎，避免接触过敏性结膜炎，使用奥洛他定等药物。
一般来说，儿童过敏性结膜炎用抗炎抗过敏药。
过敏性结膜炎又称为变态反应性结膜炎，是结膜对外界变应原产生的一种超敏反应。可以使用抗炎抗过敏药物糖皮质激素如泼尼松眼药水、H受体阻滞剂如奥洛他定眼药水等来治疗，也可以吃扑尔敏来治疗。家长需要带孩子到眼科检查原因，然后对因对症治疗。家长要适当调整小儿的饮食结构，尽量以清淡为主。
一般情况下，小儿患有过敏性鼻炎、结膜炎等疾病时，可以在眼睛内滴敷妥布霉素滴眼液，缓解瘙痒、流眼泪、眼睛充血等现象，过敏性鼻炎可以使用糠酸莫米松鼻抗剂，3岁以后即可使用。服用盐酸左西替利嗪滴剂、氯雷定分散片、孟鲁司特钠咀嚼片等具有良好的抗过敏作用，服用一星期后即可明显好转。在这个过程中，可以多吃一些水果，可以增加人体对身体的免疫力，降低病情的发展，同时可以服用一些匹多莫德冲剂来提高免疫力。