乳糖不耐受的宝宝排出的大便是又酸又臭的，牛奶蛋白过敏者的大便是臭而不酸。乳糖不耐受的孩子经常会出现肠鸣音亢进，肚子总是响，而且放屁多，牛奶蛋白过敏者少见有这样的表现。乳糖不耐受的孩子经常会有复泻、腹胀、拉奶瓣等症状，牛奶蛋白过敏者有反复呕吐、喂养困难、腹泻和便秘，而且大便常有粘液血丝。
牛奶过敏，乳糖不耐受一般会有消化不良的症状，可表现为腹胀腹泻，大便放屁酸臭。乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌过少不能够完全消化或分解母乳以及奶粉中乳糖所引起的腹泻，如果宝宝的大便次数不多，不影响生长发育，是不需要特殊治疗的，可以选用无乳糖配方的奶粉，等腹泻缓解后，逐渐增加母乳喂养的次数。
通常来说，牛奶蛋白过敏和乳糖不耐受是不一样的。
牛奶蛋白过敏可涉及全身各个系统，并以消化系统症状和皮肤症状为最主要表现，比如呕吐、反流、腹泻、便血、肠绞痛、湿疹、荨麻疹等；乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌少，不能完全消化分解母乳或牛乳中的乳糖所引起的非感染性腹泻，又称乳糖酶缺乏症。乳糖酶缺乏是广泛存在的世界性问题，远东人群发生率高，大部分人群不出现症状，但在以乳汁为主要饮食的新生儿及婴幼儿中常发生腹泻等症状。
乳糖不耐受是指摄取乳糖后会因乳糖吸收不良而出现相关症状，乳糖不耐受的孩子排出的大便是又酸又臭的；牛奶蛋白过敏是幼儿最常见的食物过敏牛奶蛋白过敏是常见的食物过敏，牛奶蛋白过敏者的大便是臭而不酸。
孩子如果乳糖不耐受，就会出现腹泻消化不良，体重增长缓慢的变化。是因为不能分解母乳或者奶粉中的乳糖导致的。如果腹泻比较严重就会出现脱水以及电解质紊乱。一般在增加辅食后多会慢慢的缓解乳糖不耐受。买深度水解的奶粉。目前没有特效药物治疗，腹泻严重时补充水分和电解质。
蛋白质过敏的宝宝有出现腹泻、失眠多梦、胃食道反应、皮疹、盗汗、腥臭味大便且偶尔可见泡沫。乳糖不耐受的症状是出现稀便糊便、没有腥臭味，也没有伴随其他的全身症状。这是两种发病机制不相同的疾病。