肛乳头瘤的生成并不属于病毒感染，是由于长期大便干燥或者排便习惯不好而导致肛管肛隐窝处异常增生，形成的肛乳头肥大或者肛乳头瘤。肛门内如果有病毒感染，考虑有可能存在肛门局部传染性疣或者肛管尖锐湿疣。肛乳头瘤的治疗一般选择手术切除。以免肛乳头瘤进一步恶化。
男性人乳头瘤病毒可以进行药物治疗、手术治疗以及物理治疗。
感染人乳头瘤病毒后，可以采用利普刀切除，冷冻治疗，微波治疗。药物治疗一般是在局部涂抹。最普通的有米奎莫特。还可以使用抗hpv生物蛋白的辅料。也可以使用诸如白介素、干扰素等免疫抑制剂。
干扰素、胸腺五肽、转移因子等都是目前治疗人乳头瘤病毒的主要药物。
人乳头瘤病毒可以引起细胞免疫，使其产生更多的细胞因子，从而将人体中的HPV清除。人乳头瘤病毒能感染皮肤，导致多种疣样皮肤病。人乳头瘤病毒的主要宿主是人类表皮细胞，可以透过皮肤的损伤，进入表皮，在表皮细胞中繁殖。
清除人乳头瘤病毒临床上常用的是免疫调节剂，如干扰素、胸腺五肽、转移因子等。通过细胞免疫调节导致炎症细胞，释放更多细胞因子，清除体内的人乳头瘤病毒。不同的人乳头瘤病毒感染导致的各种病毒疣治疗原则，基本上均为局部治疗。局部可以采用冷冻治疗、激光治疗，或者光动力治疗，也可以外涂药物，如鬼臼毒素、鸦胆子溶液等。
人乳头瘤病毒的感染是可以通过药物来治疗的。
如果病人感染了HPV，可以在医生的指导下应用他克莫司软膏或者咪喹莫特软膏，以减轻病人的痛苦。还可以通过使用转移因子等药物来增强身体的免疫力，从而达到恢复的目的。对于严重的人乳头瘤病毒，可以通过外科手术切除。
人乳头瘤病毒是一种病毒，并不需要治疗，若是出现感染是可采取药物治疗。
重组人干扰素α-2b凝胶为临床治疗人乳头瘤病毒感染常用药物，能发挥广谱抗病毒作用，能够组织病毒蛋白质合成，抑制该病毒生长。还可配合胸腺肽肠溶片、转移因子胶囊等药物进行治疗。
用药时，通常需在医生指导下使用，避免出现不良反应。