肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿依然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。手术治疗方法是治疗肾囊肿的一种有效方法，一般会采用囊肿去顶减压术。此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。手术成功的关键是尽可能早施行手术，囊肿减压必须彻底，不放弃小囊肿和深层囊肿的减压。
保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
治较好的方法有保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；腹腔镜肾囊肿去顶减压治疗，分为腹腔入路和后腹腔入路，创伤小，恢复快，减压彻底。
在治疗肾脓肿小的时候，需要根据病情决定治疗的方法，比如可以选择保守治疗的，比如进行敏感的抗生素进行治疗，主要是适合在早期，是可以达到根治的，如果病情比较严重，或者是患者对药物产生耐药性，可以选择跟医生做进一步的沟通治疗。同时在用药期间也要注意个人的作息时间，避免熬夜，同时饮食上也要以清淡为主，帮助病情恢复。
穿刺治疗，主要是在B超的引导下进行一个穿刺把囊液抽掉，用无水酒精来处理囊壁。另外可以做腹腔镜微创的肾囊肿的去顶，它切掉大部分囊壁，抽掉囊液。手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；穿刺疗法，可以采取B超引导下肾囊肿穿刺的方法，穿刺将囊肿的液体完全抽出，然后注于药物，从而使囊壁不再分泌一些液体。