巧克力囊肿是否影响怀孕要根据病情的严重程度。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的常见类型。患巧克力囊肿可能会影响怀孕。患巧克力囊肿会影响到卵巢功能，影响排卵。盆腔以内粘连也常伴随巧克力囊肿往往发生，导致输卵管功能障碍。
若巧克力囊肿较小，痛经不明显，可尝试怀孕，能够正常怀孕的情况下暂时不用治疗巧克力囊肿。若产期不能怀孕且排除了其他导致不孕不育的因素，则不孕可能是巧克力囊肿引起的，建议及时就医，通过药物治疗或手术治疗巧克力囊肿。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。
巧克力囊肿手术后，必须要进行调养，因为手术后女性的身体比较虚弱，在手术后一个月内应该避免性生活，不然对伤口的恢复不了，而卵巢部位此时也没有得到更好的恢复，也是不利于怀孕的。所以巧克力囊肿在手术后不要受孕。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。