尿道旁腺是分布于女性尿道口后壁的二个腺体。如果腺体排出口阻塞，则可形成尿道旁腺囊肿。如果继发感染，则形成脓肿。尿道旁腺囊肿切除术，是治疗尿道旁腺囊肿的首选方法，如果尿道囊肿体积较大，位置较深或者与周围组织粘连较重，为了不损伤尿道，可仅切除部分囊肿前壁界，即尿道囊肿开窗术。术前需要用碘伏进行坐浴。有膀胱炎的，应提前进行抗感染治疗。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
怀孕有囊肿要根据怀孕的周期和囊肿变化情况选择不同的处理方式。
若孕早期检查B超时发现有卵巢有囊肿，通常建议观察为主，因为囊肿大部分是生理性的黄素囊肿，一般在怀孕3个月左右自然消失。若3个月后检查发现囊肿在逐渐变大，则建议等到怀孕4个月左右进行手术治疗，因为怀孕4个月左右胚胎较稳定，此时进行手术相对安全，及时手术能够有效避免卵巢囊肿扭转或恶变。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
尿道囊肿如果比较小，不影响正常的排尿，是不需要做特殊的处理，定期的去医院复查即可。如果尿道囊肿比较大，影响到正常的排尿，可以去医院选择做逆行性造影，可以做出明确的诊断。必要的时候可以去医院选择做手术进行治疗，选择微创的手术方式，也就是经尿道囊肿切除术。