对于年龄较大且没有生育要求，对侧卵巢正常，子宫无受累的，为了避免日后复发，可以考虑作患侧附件切除，术后一般应服用治疗子宫内膜异位症的药物，以防止肉眼未能检测的病灶引起新的播散，女性月经期间，并禁止一切剧烈的体育运动和重体力劳动，避免寒凉，尽量少做人工流产和刮宫。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位的一种，这种手术后是很容易复发的，术后可以预防性的注射药物。可以减少复发的机会。同时经期不要同床，如果月经量多，可以口服止血药物治疗，避免月经量过多导致经血逆流，增加子宫内膜异位症的几率。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
巧克力囊肿预防需要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。尽量少做人工流产和刮宫，做好计划生育。女性月经期一定要禁止性生活。
巧克力囊肿术后多食用补虚益气食品。可以助气行血，能有缓解疼痛之效。气血虚少者尤为适宜。家禽家畜、蛋乳、鱼鲜均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好，葱白除风散寒，疏通肝经，食之有益。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。