精子畸形率是96%，是会影响怀孕的，精子质量不行，本症与生精功能缺陷、精索静脉曲张、精囊、前列腺和附睾炎症，以及全身营养状况欠佳、维生素A、E缺乏等因素有关。要检查清楚后对症治疗的。
精子畸形率97%的情况下可以尝试自然生育。正常男性一次射精数亿，可能会出现部分畸形精子，但是正常精子数量还是很多的。精子进入阴道后，会经历一段优胜劣汰的自然规律，比如宫颈管粘液的拦截，白细胞的吞噬等，所以有些畸形精子在到达输卵管之前就会被淘汰掉，只剩下正常形态的精子，从而形成正常的受精卵。患者可以尝试进行生育。
精子畸形是正常现象，若经特殊染色，畸形率不应超过精子总数的15%。一般认为畸形精子是不能（或不易）受孕的，精子畸形率的增高只意味着受孕机率的降低，与胎儿畸形与否无相关性。只要能受孕的精子一般都是正常的。
精子畸形症不好治。积极预防男科疾病的发生，避免此类男科疾病造成畸形精子症，影响男性今后的生育能力，男性定期到正规男科医院进行检查，避免畸形精子症的发生。可使精子发育不成熟；生殖腺受到放射线照射。
病人学会出现倦怠乏力，纳食不香，腹胀闷，或腰膝酸软，伴有精索静脉曲张可有睾丸坠胀有明显表现。局部症状，还会有一些精子畸形的男性传播疾病人有性功能障碍。这些精子畸形有什么表现是很少的，不留心是不会发现的，也就是检查才能发现。
一般情况下，精子畸形率98%能生育，但是生育的几率较低。具体情况分析如下：
男性不育症的常见原因是精子畸形率高。98%的畸形率超过了严格的生育力评估标准（标准为96%）。也就是说，这种畸形率会严重影响到正常生育，但也不是绝对不能生育，只是降低了生育几率而已。精液质量不仅要看畸形率，还要看精子密度、精子活力等各项指标。