手术切除做病理检查一下就知道是良性还是恶性的。早期可采取手术治疗加中药治疗，治疗率很高。早期没有必要进行化疗、放疗，这些杀伤性的治疗会破坏体质，使癌细胞有可乘之机。卵巢囊肿的初期，大多是良性肿瘤，不必过度担心，应积极治疗。采取有利措施，防止从恶性方面发展，引起恶性肿瘤。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。
良性巧克力囊肿是指囊肿直径小于等于3厘米。良性巧克力囊肿并无明显症状。每个人病情的严重情况不一样，有些病人在良性巧克力囊肿的时候会出现不孕，月经失调，痛经等症状，但有些病人却并不会出现症状。
巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
卵巢囊肿是女性常见疾病，和细菌感染，体内激素异常等都是存在关系的，术后标本没有发现典型的子宫内膜上皮，化验是良性的，那就说明囊肿是良性的，可以手术切除，不会出现恶化。