应该注意定期作B超复查，防止复发。因为巧克力囊肿手术复发率很高，这种囊肿与周围组织粘连严重，在手术过程中囊液一旦外流，就可以到其他部位种植，引起复发。多吃些蛋白质多的食物，增加体力。
卵巢巧克力囊肿手术后注意事项：蛋白质可以帮助伤口快速愈合，增加体力，可以选择鱼类，因为鱼肉比较容易消化和吸收。还要避免食用油腻的食物，因为脂肪会形成堆积，使伤口不能快速愈合，对细菌的抵抗能力也是会减弱的。别吃含激素类食品，比如鸡蛋、大豆、蜂王浆等。不喝浓茶，可乐，咖啡及碳水化合物的饮料。少吃辛辣，高脂高蛋白食品及精加工食品。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上生长而导致形成，会引起进行性的痛经，甚至是导致不孕。切除手术以后，禁止同房和盆浴一个月，以免由于过早的同房和盆浴导致引起盆腔的感染，同时还要禁止做重体力活动，饮食清淡才行。
一般手术三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。建议平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。
放松心情，适当散步，一切都会好的。饮食上也可以多补充富含维生素A、维生素C、维生素E的食物，例如：动物肝脏、乳制品、芒果、胡萝卜、枸杞、菠菜猕猴桃、西红柿、草莓、黄瓜、豌豆、牛奶等，特别要多吃野生甲鱼。
巧克力囊肿常规检查注意事项是要先监测有没有排卵。做个输卵管造影，看看输卵管是否通畅，子宫形态有没有异常。还要排除免疫性不孕。男方要查个精液常规和抗精子抗体。只有找到不孕的原因，才能有针对性的用药治疗。巧克力囊肿需要复查彩超，查CA125和抗子宫内膜抗体。