子宫腺肌病和子宫肌瘤病变所在部位都是子宫肌层，但是形成病变的组织是完全不同的，子宫腺肌病是子宫内膜腺体及间质侵入子宫肌层形成的病变，而子宫肌瘤主要是由子宫平滑肌细胞增生。
巧克力囊肿是卵巢的，子宫肌瘤是子宫的。子宫肌瘤长在子宫体上，一般不会癌变，会随着闭经后子宫的萎缩而萎缩。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一个表现，子宫内膜异位症在子宫体上称为子宫腺肌症或腺肌瘤，在卵巢上则称为巧克力囊肿。巧克力囊肿不会癌变。
子宫肌瘤和卵巢巧克力囊肿的医治比较好的方法是通过药物医治，平时要饮食宜清淡，不能吃羊肉、虾蟹等发物，忌食辣椒、生葱生蒜等刺激性食物及饮料多吃蔬菜水果，平时多注意卫生。
子宫肌瘤是良性的肿块，一般小的肌瘤无需治疗，大于５cm子宫肌瘤是可以采取手术治疗，巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致，可能出现疼痛，破裂的可能，需要到医院手术治疗。不要吸烟酗酒，月经时期不要吃冰冷的食物．注意少吃含有激素类的食物。
一般的水果都可以吃的。食物还是应该吃蛋白含量高一些的。平时注意休息，不要过度劳累，不要熬夜，不要吃生冷辛辣的食物。术后应该注意的事项有，平时的卫生习惯一定要注意，不要阴道冲洗。
巧克力囊肿手术以后应该吃些营养的，温通经络的，滋补肝肾的食品，如，黑大豆，黑芝麻，核桃，黑米，豆制品，枸炒菜煲汤，黑木耳，海带，多补充维生素，补充蛋白质。不吃或少吃辛辣剌激的，忌饮酒，忌喝碳酸饮料，并注意加强体育锻炼，注意保暖，避免受寒受风受湿。