卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，需要进行手术治疗，在术后进行病理确诊，然后采取相应的治疗方案。注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上生长而导致形成的，一般卵巢巧克力囊肿会引起进行性的痛经，同时可能影响怀孕甚至导致不孕，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，又没有明显严重痛经的时候，可以考虑采用短效避孕药来进行调理治疗，如果是卵巢巧克力囊肿大于五厘米，我们通常建议直接行腹腔镜手术切除囊肿才行。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
巧克力囊肿对于女性身体的健康影响还是非常大的，如果不够重视疾病的治疗，很容易影响到身心健康，到医院进行相关的检查，如果症状轻微，可以通过药物缓解症状，进行腹腔镜手术的方式治疗较好。
巧克力囊肿的手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病通常使用的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的一般选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。
要到医院进行检查囊肿的大小，性质，增长速度等进行相关的治疗。腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。腹腔镜手术治疗，再监测卵泡。在排卵期性生活怀孕几率最大。