治疗这种病的首先就是手术治疗，能后就是用超声介入+硬化剂，这种疗法比较先进，创伤小，效果好，很多公立医院都有做这项技术。特别是三甲医院这项很好。当然，所有手术都有风险，如果您不想手术，而且目前没什么特别不舒服，也可以先中药治疗。
到医院检查并治疗。建议配合医生的治疗方案。可做保守治疗，如液抽吸术治疗，小于8cm的巧克力囊肿还可以进行药物治疗。保守治疗易复发，还是建议用腹腔镜手术治疗，只需要在腹部打开3个0.5～1cm的小孔，伤口小，怕留下疤痕手术一个月后用维生素E捏碎并涂抹伤口处，疤痕会逐渐淡化的。
巧克力囊肿可采用中医中药调理治疗，具有清热去湿，活血化瘀，养血补气的功效。腹腔镜手术治疗，应为内异症的首选治疗方法。症状及病变均严重的无生育要求的可行此手术。也可以吃一些西药。
巧克力囊肿不进行治疗，对于女性身体的健康的影响还是非常大的，尤其是不够重视疾病，病情越拖越严重，不但会影响到女性的正常生活，导致女性不孕，甚至恶变影响到生命安全，所以必须要选择正规的妇科医院进行治疗。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
需要三个月左右才能治好。巧克力囊肿是子宫囊肿的一种，属于良性病变，会伴随有增生、转移、复发等情况的出现，而且会造成痛经、月经失调等，因此建议还是及早治疗比较好，需要服药三个月左右进行巩固治疗，另外需要随时复查。