新生儿黄疸光疗最主要的副作用是对眼睛的伤害，还有对生殖系统的伤害。但是在进行操作的时候，会避免，会用黑布遮住婴儿的眼睛和婴儿的，这样就不会有副作用。
蓝光疗法具有低的不良反应，是比较安全的。蓝光疗法有：低烧、皮疹、腹泻、核黄素不足等不良反应。会造成不明显的水分流失，在照射时要多饮水。没有蓝光照射后，疹子就会消失。
腹泻是由于胆红素在肠道中的排出，从而促进了肠道的蠕动，从而导致了大便的频率升高。在进行蓝光治疗时，会损伤到体内的核黄素，需要给予一定的剂量。
新生儿黄疸是由于胆红素代谢异常，引起血中胆红素水平升高，而出现以皮肤、黏膜及巩膜黄染为特征的病症，生理性黄疸不需要特殊治疗，病理性黄疸需给以蓝光照射退黄。
新生儿黄疸的预防主要是从几个方面进行的:尽快给婴儿喂奶，粪便排出体外，因为黄疸胆红素代谢是通过粪便排出的，这是生理性的；病理性黄疸的发生有几个方面。首先是溶血性黄疸。预防是去专门的医院进行生产。
蓝光治疗新生儿黄疸是有副作用的，主要是对皮肤的危害较大，容易引起发热、皮肤灼伤、皮肤脱水、钙缺乏和维生素B2的缺乏。所以在治疗的过程中一定注意保护皮肤，适量添加钙剂和维生素B2，多补充体液。
新生儿黄疸照蓝光有副作用，但是副作用多不严重，是很轻微的，不影响继续照蓝光。蓝光照射的副作用可以有发烧、腹泻和皮疹，因为蓝光可以分解体内的核黄素，如果蓝光照射时间超过24小时，可以引起核黄素的缺乏，所以光疗的时候要补充核黄素。