下丘脑/垂体功能异常导致卵巢不能排卵，无法分泌激素刺激子宫发育，故而形成子宫偏小。严重的贫血或某些代谢性疾病，比如甲状腺功能异常也会引起女性幼稚子宫。大多和内分泌因素有关。
子宫发育不良的原因有很多。子宫发育不良是因为严重营养不良或者是一些疾病导致的，或者是女性患有一些慢性疾病，造成了生殖系统发育不良。还有内分泌紊乱、卵巢功能障碍、肾气不足等均可造成女性子宫发育不良。
子宫发育不良，多是一种先天性疾患，也是生殖器官畸形中最常见的一种。有些子宫畸形无任何自觉症状，月经、性生活、妊娠、分娩等亦均无异常表现，以致终身不被发现，或于体检时偶被发现。
子宫发育不良，又称幼稚子宫，以往多认为系妊娠晚期或胎儿出生后到青春期以前的任何时期，受到内在或外在各种因素导致子宫停止发育而出现不同程度的幼稚子宫。子宫发育不良多由下丘脑-垂体-卵巢性腺轴功能失调，雌、孕激素分泌不足，子宫发育受限或停止生长所致，可属于内分泌疾病范畴。
子宫发育不良主要是由内分泌功能不良所致，特别是卵巢功能障碍引起雌、孕激素分泌不足所造成的。而卵巢功能降低除了会使子宫发育不良外，更大的不利因素是这样的病人常常没有排卵或者黄体功能不全。
由于胚胎发育时期出现了异常，很多女性子宫结构和形态正常，但是体积偏小，子宫颈相对长，出现了子宫发育不良的情况，这是出现女性不孕的重要原因。另外，女性朋友卵巢功能障碍会导致雌激素、孕激素分泌不足，而子宫的发育需要雌激素和孕激素的共同作用。