发病原因是原受累神经得不到良好的血供应。病毒和炎症再度损伤神经而继发的变性病变早期，现病的治疗比原发性神经损伤治疗难度更大，延误治疗有可能导致不完全性截瘫。所以及早治疗比较好。
蛛网膜血管高度扩张充血。蛛网膜下腔增宽，其中有大量中性粒细胞及纤维蛋白渗出和少量单核细胞，淋巴细胞浸润，用革兰染色，在细胞内外均可找到致病菌，脑膜及脑室附近脑组织小血管周围可见少量中性粒细胞浸润，从而引起脑膜炎后遗症。
引起脑膜炎的病因很多，多见于病毒感染、结核菌感染等所致，病毒性脑膜炎多继发于上呼吸道感染，传染性较小，在平时也应该注意一下饮食，饮食上面应该禁食味精，少食饮料等类食品。
其他疾病：能够引起脑损伤这样严重疾病出现的病因也是会引起脑炎后遗症疾病的出现的，病发的概率是不分上下的但也有病例在疾病治愈后继续发生。癫痫发作是否能停止取决于疾病的类型、受影响的脑组织的位置以及脑损伤的程度。
和病毒的分类有关系。病毒性脑炎的预后与病变的程度和病情的严重程度有关。脑部病变更加有限，不会侵入生命中心。当病情轻微时，预后通常很好。如果昏迷持续很长时间，或者经常出现抽搐，大脑就会缺氧，病情加重，预后很差，很容易留下神经和精神后遗症。
脑炎后遗症常见的症状是精神迟钝，抽搐，大脑瘫痪，小脑畸形，智力低下，运动障碍，脑积水等。神经异常的表现多有发热、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷、惊厥等，重者则大脑、丘脑下部、底节、脑干、小脑和脊髓的症状都可能有异常表现。