治疗脑炎后遗症，首先就是对症处理，脑炎后遗症患者需要退热、止痉。高热可以引起抽痉。用物理降温或中、西药物退热。还有就是抗病毒治疗，扰素可以提高机体对病毒的抵抗能力，均可应用。
当地的专科医院。这些医院都是技术人才密集、仪器设备先进、整体医疗水平较高的现代化综合性三级甲等医院。拥有国际先进水平的医疗仪器，同时还拥有多项国家专利技术。还有先进的诊疗技术和强大的医资团队，整体医疗水平较高。
脑炎患者有后遗症之后，应该采用抗病毒药物治疗，采用抗病毒的药物治疗主要是为了提高患者的机体抵抗力，患者如果出现了高热情况，就应该及时的采用物理降温或者是退烧药进行治疗了。
需要进行康复治疗，比如认知功能训练，主动和被动的肢体锻炼，同时应该找心理医生进行心理干预治疗，让病人树立恢复疾病的信心，还需要采取一些理疗的措施，或者肢体锻炼等。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
患者需要按医生的嘱咐口服调理神经功能方面的药物。在出现脑炎后遗症以后一定要对症治疗，并且坚持治疗和预防并发症，如果出现头痛比较严重的时候，就可以服用止痛药。