肠道病毒71型和EV71型感染目前缺乏特异性和高效的抗病毒药物。目前这种病毒的医学状况没有一些有效的药物。与细菌不同，已经有效果非常好的透明抗生素。病毒感染在临床上通常需要对症支持治疗。其中大多数症状轻微，可在一周左右，预后相对较好，大多只是对症治疗。
对于即将来临之肠病毒流行高峰期（六～九月），家中有15岁以下儿童之家长应提高警觉，做好预防措施，防治肠病毒必须由个人卫生及环境卫生着手，除了要养成良好的生活习惯，经常正确洗手，注意饮食及饮水必须煮熟及煮沸，尤其在流行期若饮用之水源为取自地下水更应注重消毒问题，对于肠病毒患者所接触过之物品及受病患排出之口鼻污染物、粪便所污染之器具，应避免直接接触且必须加以消毒以减少肠病毒之蔓延；患者应多补充水分、多休息、尽量减少外出以避免传染他人，家中若出现第二个受肠病毒感染之病患需特别注意，因其所接受之病毒量往往较高，严重程度可能提高；在环境卫生上，必须维持居家环境的通风与清洁，建立良好的下水道系统，肠病毒流行期间更应减少出入公共场所，如此才能减少肠病毒的伤害。 提高人体免疫力，抵抗病毒 病毒流行季节，除了要远离病毒外，加强自然免疫力以抵抗病毒也是必须的。这就要求我们适当增加新鲜蔬菜、水果的摄人量。同时，可以尽量选用含有某些抗病作用物质的食物，像大蒜、姜、绿茶、银耳、百合等。苹果能增加血液中白细胞的数量，猕猴桃富含大量的维生素C，梨、菠萝、西瓜、草莓、葡萄、香蕉等应季水果也都有益于我们的免疫系统。
