糖皮质激素的相对禁忌症有，严重的精神病（包括现在和既往病史），癫痫，活动性消化性溃疡，新近胃肠吻合术，骨折，创伤修复期，角膜溃疡，肾上腺皮质功能亢进症，严重的高血压病，难以控制的糖尿病，抗菌药物不能控制的感染，如水痘，麻疹，真菌感染及孕妇等。
包括注射部位皮肤感染，或全身感染，因为糖皮质激素可能都会导致深部的感染和关节软组织的感染，因为可能会导致感染恶化，同样由于存在感染的风险，手术前三个月内，不能在需要更换的关节内局部注射糖皮质激素，抗凝治疗不是局部注射糖皮质激素的禁忌症。
糖皮质激素乳膏有皮炎平软膏、氟轻松软膏、复方倍氯米松樟脑软膏、丙酸氯倍他索软膏、丁酸氢化可的松软膏、糠酸莫米松软膏等。这些软膏是皮肤科常用的外用药，有抗过敏、消炎、止痒、减轻皮疹等功效。
糖皮质激素对人体有益又有害，具有双面性，因为长时间服用大量的糖皮质激素会诱发或者加剧胃和十二指肠的溃疡；诱发细菌感染；诱发高血压、动脉粥样硬化；诱发糖尿病、癫痫、精神病等，还会导致骨质疏松、肌肉萎缩、多毛、皮肤变薄、高血糖、低血钙，影响儿童的生长发育，过度使用会造成丧失劳动能力。停药后会造成肾上腺萎缩，功能障碍等。
糖皮质激素是维持生命所必需的物质，体内主要的糖皮质激素是氢化可的松，每人每天平均分泌15毫克。糖皮质激素主要影响碳水化合物代谢，在一定程度上激素也影响蛋白质和脂肪代谢，促进蛋白质分解并抑制蛋白质合成。
糖皮质激素副作用主要表现有向心性的肥胖，出现满月脸、水牛背、痤疮、多毛、高血钠和低血钾、高血压、水肿、高血糖，还有糖尿病加重、肾上腺皮质功能减退，甚至萎缩、闭经、肌肉消瘦、无力、骨质疏松、股骨头坏死和精神症状等。