肛瘘手术只能是西医手术清理漏道引流干净后才能缝合的。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。也可以手术后中药调理。
不是只有西医手术可以治疗的，更多的是中医院结合治疗。现在很多中医院都可以治疗肛瘘等肛肠疾病。中医治疗比较缓慢，如果不注重还是会复发的。药物和手术只是一方面，更重要的是从现在开始就做好肛门的护理，便后水洗，坐要悬空透气，养成定期温水熏蒸坐浴的习惯，再加上注意饮食，不要便秘，不要辛辣，才会减少恶化，加速术后康复。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘不能自己康复，肛瘘是肛周脓肿破溃以后形成的疾病，主要构成是内口，外口和瘘管，其中瘘管是一个坚硬的结缔组织管道，是不会自己康复的。只能通过手术将瘘管切除，内口敞开才能康复。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。