肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，肛瘘病人应抓紧治疗，不要拖延病情。保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能治疗肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能治疗肛瘘。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，肛瘘病人应抓紧治疗，不要拖延病情。保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能治疗肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能治疗肛瘘。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。