没有明显的危害，但是如果肛门口过小，比如只能够容一根小手指，甚至更小，如果做肛门镜检查，可能会导致肛门口的撕裂，出现出血，疼痛。所以，肛门镜检查的时候，都要在肛门镜还有肛门部涂抹药物，起个润滑作用，减轻对肛门的损害。
肛门镜检查会有点不舒服，但不太痛苦，所以别担心太多。另外，对于痔疮，直肠镜检查也是一项重要的检查项目，主要是通过检查来了解病情的程度，需要根据检查结果制定治疗计划，看看是否更好地使用药物保守治疗或外科治疗。
肛门镜是一个长约7厘米的内窥镜，可以通过直接观察到肛门直肠的病变。肛门镜的粗细大小不一，专家可以根据病患的年龄和肛门的松紧程度来选择肛门镜。因为要撑开括约肌，检查的时候多多少少会有点不舒服，轻微疼痛。
肛门镜检查不能完全看到全部直肠的情况，因为直肠的长度大概12到15厘米，肛门镜也只能看到直肠的下段，如果想看到整个直肠的情况，可以做直肠镜或者乙状结肠镜检查，不过现在这些检查都比较少了，都用电子结肠镜检查来代替了，电子结肠镜可以看到整个大肠的情况。
肛门镜检查根据病情可选择普通的和电子肛门镜，费用在20到150不等。
以下为常见疾病的一般公立医院收费参考：普通肛门镜基本上是通过医生肉眼来判断肛门直肠有没有问题，大约在20-30块钱左右。电子肛门镜是借助电子肛门镜这种仪器。整个可以成像，然后传输到电脑，以图片的形式打印出来交给病人，比较直观，一般在100-150块钱左右。
肛门镜检查不能完全看到全部直肠的情况，因为直肠的长度大概12到15厘米，肛门镜也只能看到直肠的下段，如果想看到整个直肠的情况，可以做直肠镜或者乙状结肠镜检查，不过现在这些检查都比较少了，都用电子结肠镜检查来代替了，电子结肠镜可以看到整个大肠的情况。